Основная статья: Гипотезы происхождения НЛО

Существуют следующие гипотезы о происхождении НЛО:

• Внеземная гипотеза происхождения НЛО (англ. The Extraterrestrial Hypothesis — ETH) — наиболее распространённая гипотеза, объявляющая НЛО космическими кораблями инопланетян. Большинство уфологов рассматривает только эту гипотезу.
• Гипотезы о естественном происхождении НЛО (англ. The Natural Explanation Hypothesis или Null hypothesis) основаны на вере в то, что все необъяснённые случаи, сообщения о НЛО, если не являются мистификациями, то возникают вследствие наблюдения за явлениями, уже известными, описанными и изученными современной наукой: метеорами, летящими птицами, горящим болотным газом. Уфологов, придерживающихся данной точки зрения, иногда называют «скептиками». Наиболее известными уфологами-«скептиками» являются Эдвард Кондон, Филип Класс и Дональд Мензел. Также есть предположение некоторых учёных что многие НЛО — это шаровая молния.
• Психосоциальные гипотезы происхождения НЛО — известно, что ещё К. Г. Юнг рассматривал сообщения о НЛО как современный миф, он отмечал возможную связь между дискообразной формой «летающей тарелки» и «мандалой» — оккультным символом в индуизме и буддизме, олицетворяющем целостность, завершённость. Большую заинтересованность НЛО во второй половине XX века Юнг объяснял стремлением человека к гармонии в неспокойное время. В советской литературе подобное этому объяснение феномена НЛО пользовалось известной популярностью.
• Версия антропогенного происхождения НЛО
• Ультраземные гипотезы происхождения НЛО — так называемые Ultraterrestrial hypothesis предлагают земное происхождение НЛО (уфолог Джон Киль призывал «рассматривать НЛО в земных или в ультраземных рамках, то есть думать о них, как о своих ближайших соседях, от которых вас отделяет только забор»); некоторые развивают идеи, что «летающие тарелки» запускаются цивилизациями, обитающими на Земле параллельно человеческой, или же что НЛО являются… неизвестными существами, живущими на Земле же.
• Версия живых НЛО
• Гипотезы возникновения НЛО в параллельных мирах
• Гипотезы о путешествиях НЛО во времени
• Сверхъестественные (мистические) гипотезы происхождения НЛО — были востребованы на протяжении всей истории человечества, но в XX веке имели намного меньшую популярность, нежели, например, версии о внеземном происхождении НЛО; правда с 1970-х гг. наблюдается некоторый их расцвет.
• Гипотезы о природе НЛО с точки зрения православной ветви христианской религии — в своем обращении Патриарх Кирилл говорит, что суть природы НЛО — происки дьявола и НЛО являются ничем иным, как бесами, которых человек видит в таком виде как шары, диски и др. Подтверждает свое утверждение аргументом о том, что в средние века люди видели бесов в одном обличии, а с ростом технологий и развитием науки бесы и дьяволы пытаются принять форму, наиболее понятную человеку и «логически объяснимую» с технической точки зрения.